楼顶业主在公共区域种菜，接下来该如何是好？

法律分析：小区楼顶种花种菜是否违规，视情况而定。若依法办理有关手续后告知物业服务企业，不属于违规；若未按照规定办理手续，则属于违规。
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当协商谈判和行政投诉维权都不能解决问题时，或当事人对行政执法裁定不服时，司法诉讼就是业主维权的最后途径。
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如果涉及的是业主的公共利益，业主可以通过业主委员会与侵犯业主权益当事人（开发商、物管公司、个别大小业主、政府部门等）进行谈判，协商解决业主权益受侵害的问题。